В состав операционного блока входят 2 кардиохирургических операционных зала и 3 операционных сосудистой хирургии. Кардиохирургические операционные оснащены приточно-вытяжной ветилляцией, системой мониторинга за основными показателями жизнедеятельности пациента, аппаратами искусственной вентилляции легких и аппаратами искусственного кровообращения. Оборудование операционной позволяет проводить операции всех категорий сложности на сердце и сосудах.
В кардиохирургических операционных выполняются операции аортокоронарного шунтирования в условиях искусственного кровообращения и на работающем сердце, операции при ревматических и дегенеративных пороках сердца- протезирование клапанов сердца, реконструктивные операции на митральном, трикуспидальном клапанах и восходящей аорте, операции при клапанном инфекционном эндокардите, при врожденных пороках сердца у взрослых и детей. Операционные оборудованы установкой для проведения хирургической радиочастотной абляции у пациентов с персистирующей формой фибриляции предсердий.
Штат отделения укомплектован высококвалифицированными операционными медицинскими сестрами, прошедшими специализацию и имеющими сертификат специалиста. Сотрудники операционного блока отвечают за координирование операционных процессов между кардиохирургическими отделениями, за бесперебойную работу операционной бригады и соблюдение стерильных условий в операционных.